در این سال ها اگرچه او رفتارهایی چون بر هم زدن سخنرانی حسن خمینی یا علی لاریجانی را تقبیح کرده ولی مسبب این وقایع، حامیان شیفته و فعال او در موسسات وابسته به بیت رهبری بوده اند، اگرچه از خصوصی سازی دفاع کرده و خود را مشوق اجرای اصولی چون اصل ۴۴ قانون اساسی نشان داده ولی سود برنده این ماجراها نهادهای اقتصادی وابسته به سپاه بوده اند که جای بخش خصوصی را گرفته اند.

اگرچه مشایی و احمدی نژاد متهم به گسترش خرافه گرایی درباره مهدویت و باورهای آخرالزمانی شده اند ولی مشهورترین مدافعان و مروجان این باورها، چهره هایی چون علی سعیدی و علیرضا پناهیان، از حمایت تام و تمام آقای خامنه ای برخوردار هستند.

اگرچه او بر حضور همه سلایق در فضای سیاسی تاکید می کند ولی مهم ترین برخوردهای سیاسی با اصلاح طلبان در سال های اخیر از رد صلاحیت اکثریت نمایندگان مجلس ششم تا حصر موسوی، کروبی و رهنورد با دخالت مستقیم رهبر جمهوری اسلامی امکان پذیر شده است.